懺悔は罪を滅せるかもしれませんし、滅せないかもしれません。浅い次元の意識による懺悔では、罪を滅することはできず、その作用も大きくありません。深い次元の意根と意識がともに懺悔してこそ罪を滅することができ、どこまで罪を滅せるかは、意根の真摯さの程度によります。意根の心行が業種を決定するからです。意根が六識を利用して業を造り、悪業の種子が蓄えられた以上、意根自身が自ら懺悔して心行を変えなければ、悪業の種子の一部あるいは全部を消し去ることはできません。意識による懺悔では業種の影響を消し去ることはできず、業種は依然として存在し続けるため、未来世の苦受は避けられないのです。
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