意根と如来蔵 (tathāgatagarbha) は結びついており、如来蔵がどの法を現じれば、意根はその法に触れ、その法を見る。しかし意根の了別にも重点と階層があり、神様が注重する法を自分で了別しきれない場合には、作意と択択が行われ、六識が出てきて了別する。もし意根が自分で了別できる法であっても、処理できない場合には、作意と択択によって六識を出させて了別させ、処理させる。
意根が自分で了別できて処理を必要としない法は極めて多く、意識はそれを知らない。意根が触れる法のうち六識による了別を必要としないものも極めて多く、意識はそれを知らない。意根が触れて了別しきった法も極めて多く、意識に知らせて処理させたいものも極めて多いが、意識は智慧が足りないために知ることができず、うやむやのまま、さらには意根からの提示や暗示に対してさえも訳が分からないと感じ、最後にはうやむやのまま終わってしまう。
如来蔵が六塵の境界を現じ出すとき、六塵が最初に現れた時には、意根が先に触れ先に了別する。意根が六塵を了別しきれないと、六識が出てきて仔細に了別する。六識が了別し始めたばかりの時には、六塵と対比できるものがなく、やはり了別しきれず、意識はぼんやりとしか感じない。数刹那の了別の後には、前後の六塵に対比できるものができ、塵境が連続してつながるので、意識はようやく六塵が何であるかを知る。たとえば字を書くとき、一画目を書いても他人には何の字か分からず、二画目を書いてもまだ何の字か分からず、三画目を書くとぼんやりと何の字か推測でき、四画目を書くと何の字であるかが分かるのである。
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