本有とは、無始劫以前から本来存在する、理由なく存在するものであり、それは如来蔵における七大の種子(地・水・火・風・空・見・識)を指す。これらの種子は不生不滅である。本有の七大種子は、五陰や七識による造作を必要とせず、天然のままに存在し、何らの理屈もなく、これを生じる法も滅ぼす法もなく、清浄本然として法界に遍満し、熏習を受けず、変異せず、永遠に清浄である。
新熏とは、五陰が生じた後に、七識の業行が現れて残す種子を指し、業種とも呼ばれる。これは後天的に生じるものであり、生滅を繰り返し変異する。新熏の種子は、後天的に五陰と七識が業行を造作することによって形成され、因縁所生の法であり、善・悪・無記の業種に分かれる。七識が清浄となった後、業行を造作して残すものは全て清浄な業種となり、悪業の種子が全て滅び去ると、如来蔵が識を智に転じ、仏道が成就する。
本有の種子と新熏の種子の関係は、本有の種子が三界に生じて五陰七識と世間の万法を形成し、七識が因縁法を借りて業行を造作することで、その業行の種子が如来蔵に落ちるというものである。本有の種子がなければ、後天の新熏の種子も存在しない。疑問が生じた際には、問題中の概念を明らかにするだけで、問題の半分は解けたも同然である。概念の内実が明瞭でなければ、他人が回答しても理解に苦しむ。概念が不明確な場合、問い自体が曖昧であれば、一般的には回答し難い。甲も乙も丙も丁も、本有と新熏についてそれぞれ異なる理解を持っている場合、一緒に議論したとして、いつの日にか観念を統一し、共通の認識を形成できるだろうか。
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