意根自体には言語や文字、音声の相がありません。言語や文字を用いて思考することもなく、心を働かせる際にも音声を発しません。そのため意根の思考作用と運行の様相は極めて微細で観察しがたく、捕捉することも容易ではありません。定力が不足し心が粗雑である場合、観察することは極めて困難であり、そうなると意根に対する誤解は避けられないでしょう。
意識は時に智慧を有し、時に智慧を欠きます。意根も同様に時に智慧を有し、時に智慧を欠きます。意識の智慧が十分に発揮されれば、意根の了別と抉擇を補助することができます。もし意根本身が智慧を備えているならば、意識の智慧による補助は必要なく、あるいは意識による思考分析の補助を要せず、単に了別を助けるだけで十分です。意根が法の粗相と細相を了別し得れば、直ちに如何に対処すべきかを知ることができます。意根本身に智慧が具わる時はこのような状態ですが、意根に智慧が無い場合には、意識が了別を補助するだけでなく、思考・分析・推理・判断をも補助し、その後意根は意識の判断に基づいて思量し、自らの判断を下すことになります。ただし必ずしも意識の判断と一致するとは限らず、その抉擇は意識の予想を超える場合があります。
意識が自心を反観するのは証自証分であり、意識が観察する対象が意根の心念である場合は自証分となります。しかし意識に智慧が無い場合、それが自らの心念か意根の心念かを必ずしも判別できず、全てを意識自身の心念と見做してしまうでしょう。そのため多くの人が「これは明らかに意識の機能作用では無いか、どうして意根の機能作用と言えるのか」と疑問を抱きます。実際には自らの意識に、意識と意根の差異と境界を弁別する智慧がなく、道種智を欠いているため、意識と意根の作用を区別することは実に極めて困難なのです。
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