前六識は意根の選択(思心所)に依って現れるものであり、意根が求めるものに従って六識は生起して作用する。故に意根が染汚であれば、六識もそれに従って染汚な業行を造作し、意根が清浄であれば六識も清浄な業行を造作する。十二因縁が示す衆生の生死流転の根本因は、意根に無明が存在するためであり、無明を縁として意根の無明の行が生じ、その無明の行を縁として六識による無明の身口意行が生じる。これらの身口意行は全て阿頼耶識に薫習され種子となる。
意根の行とは即ち意根の選択行為を指し、意根が選択を下すと六識が生起して意根の造作を補助する。従って意根が無明を有する染汚状態であれば、補助者である六識は意根の染汚業行を助けることになる。仮に意根が染汚であっても、染汚行を選択しない場合、意識は自らの清浄性によって意根を薫染し、意根が意識の清浄行を容認すれば、清浄な業行が生じ得る。故に修行とは善法を薫習し、その善法をもって意根を薫染し、意根の無明を打破して意根を転換させることにあり、心が清浄になれば将来清浄な果徳を受用することが可能となる。
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