意根は如来蔵 (tathāgatagarbha) と結びついており、如来蔵がどの法を現じれば、意根はその法に触れ、その法を見る。しかし意根の了別にも重点と階層があり、神様が注目する法を自分で明確に了別できない場合には、作意と択択が行われ、六識が現れて了別することになる。意根が自分で明確に了別できる法であっても、処理できない場合には、作意と択択によって六識を現れさせ、了別させ処理させる。
意根が自分で明確に了別でき、処理を必要としない法は極めて多く、意識はそれを知らない。意根が触れる法のうち、六識による了別を必要としないものも極めて多く、意識はそれを知らない。意根が触れて明確に了別する法も極めて多く、意識に知らせ処理させようとするものも極めて多い。しかし意識は智慧が足りないために知ることができず、うやむやのまま、意根の提示や暗示に対してさえも不可解に感じ、最後にはうやむやのまま終わってしまう。
如来蔵が六塵の境界を現じると、六塵が最初に現れたときには、意根が先に触れ先に了別する。意根が六塵を明確に了別できなければ、六識が現れて詳細に了別する。六識が了別し始めたばかりのときには、六塵と対比できるものがなく、明確に了別できず、意識はぼんやりとしか感じない。数刹那の了別を経て、前後の六塵に対比できるものができ、塵境が連続してつながると、意識はようやく六塵が何であるかを知る。たとえば字を書くとき、一画目を書いても他人には何の字か分からず、二画目を書いてもまだ何の字か分からず、三画目を書くとぼんやりと何の字か推測でき、四画目を書くと何の字であるかが分かるのである。
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