万法皆空の空には二つの側面の意味がある。一方は小乗の立場から説かれる五蘊世間の皆空の意味であり、その層次は比較的浅く、範囲も狭く、一切の法を含まない。他方、大乗の立場から説かれる五蘊世間の皆空と一切法空の意味は、層次が次第に深まり、根本的な空、実質的な空、究竟的な意味における空に至り、遂には完全徹底的な空に達する。その範囲は一切の法を包括し、一片の漏れもない。小乗法が説く五蘊世間の苦・空・無常・無我において、この空とは生滅変異する無常の法を指す。生あるものは必ず変異し滅するため、常住せず永続せず、生滅を有する法は無我性の法である。これが小乗の空である。
大乗の空は如来蔵を証得した後、現量観察によって五蘊世間と一切の法が全て如来蔵から顕現したものであることを知り、故にそれらが皆空であると見る。これらの法もまた生滅変異して実体がない。明らかに大乗の空はより根本的で究竟的、透徹しており、空の理を明らかにしている。地上菩薩の唯識種智の立場から言えば、眼前に見える物は全て心が顕現したものであり、変生された法は幻化された実在しないものである。手品師が虚空から花束を出現させるように、この花束は現象的には存在するが、実質は空で存在せず、存在は仮の相に過ぎない。大乗法は世間一切の法の空・仮・中を説くが、小乗の空は比較的浅く、仮も中もなく、ただ世間法の無常変異不住を観察するのみで、幻化された仮相を把握せず、法の実質を捉えず、観察の智慧が浅い。
大乗・小乗を問わず修行は、七識五陰の無明を破り、七識五陰に空の智慧を具えさせることである。多くの法を薫習し理論が豊富で、数多の論議文を著述できても、心が空でなく学んだ理論を全て実有の法と見做すなら、それは学問であって修行ではなく、修行に背くものである。
特に大乗を学ぶに当たり、深遠で興味深い理論に耽溺し、絶えず知識を吸収し、孜々として探究研究し、整理分類し、条理を析出して、如来蔵が幻化した一切の法を有る法として執取し、執着して空じないなら、それは決して修行ではない。修行とは理論に依って空を証し無明を破り、心行と心性を改めることである。心性は心が空じて初めて変化し、心性が変われば心行もそれに従って変わり、果報は悪報から善報へ転じる。全ての学人は、仏法を学ぶ宗旨が心空を達することにあると銘記すべきである。心空にして及第帰す。修行は学問を為すのでもなく、知識を蓄積し理論を研究するのでもない。故に理に執着して事を廃してはならず、理と事を統一し、理と事を円融無碍にすべきである。
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