十二因縁によって生死を流転する原因は、意根に無明があるため、無明を縁として意根の無明の行が生じ、意根の無明の行を縁として六識の無明の身口意行が生じ、身口意行が落謝して阿頼耶識 (Ālayavijñāna) の中で種子となるからである。意根の行とはすなわち意根の抉択行為であり、意根が抉択した後には六識が生じて意根の造作を補助する。それゆえ、もし意根が染汚して無明を有するならば、助手としての六識は意根を補助して染汚した業行を造作することになる。もし意根に染汚があったとしても、染汚した行を抉択しないときには、意識は自身の清浄 (viśuddha/pariśuddha) によって意根の心を薫染することができ、意根が意識の清浄な行を許容するならば、清浄な業行が生じることになる。したがって修行とは、善法を薫習し、さらにこの善法によって意根を薫染し、それによって意根の無明を破除し、意根を変化させることであり、心が清浄になれば、将来には清浄な果徳を受用することができるのである。
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