阿頼耶識 (Ālayavijñāna) は衆生の根身・器界を了別します。阿頼耶識の中には七大の種子があり、さらに衆生の業種もあります。業種は阿頼耶識の中に存在し、阿頼耶識はそれを了知することができ、業種が成熟しているかどうか、いつ成熟するのかを知っています。そして七大の種子を輸送して衆生の五陰 (pañca-skandha) を造ります。祂は五陰の業種を了別するので、衆生がどのような五陰を持つべきかを必ず知っており、それによって初めて五陰をありのままに変造することができるのです。変造した後は、五陰の一切の状況を阿頼耶識はすべて知っています。祂は常に五陰の色身を維持し、絶えず種子を輸送し変化させているからこそ、色身は相続して存在し、絶えず発展変化していくことができるのです。器世間はすべての衆生の阿頼耶識が共同で変造したものであり、すべての阿頼耶識が自体の中の器世間の業種を了別してこそ、四大の種子を輸送して宇宙の器世間を変造することができ、その後も共同で器世間を維持し、器世間が生住異滅できるようにしているのです。
阿頼耶識は根身・器界を了別してこそ、どのように変造すべきかを知ることができます。そうでなければ変造するすべがありません。祂はみだりに造るのではなく、必ず一定の規律と原則があって、因果の律則に従って一切の法を変造し執持しています。身体を変造した後も、なお身体を了別し、どのように変化すべきかを知って、そのように身体を変化させます。すべて因果の律則に基づき、法爾如是に運行しているのです。祂は六識のように、五陰の身や器世間に対して種々の名詞・概念を持ち、具体的な状況を知るということはしません。祂にはこのような了別性はなく、具体的な了別を行うことはありません。
祂にはまた、分析・思惟・判断の機能・作用もありません。祂の知性は、六識の知とはまったく異なるものです。私たちが毎日食べる飲食から、祂はその中の四大の成分を摂取して、身体を再び変造するために用います。祂はどれだけ摂取すべきかを知り、どのように変造するかを知っています。業が異なる衆生は、飲食が同じで、生活環境が同じであっても、身体は異なったものになります。それは業力が異なるためであり、阿頼耶識の変造するものが異なるのです。
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