如来蔵もまた識であり、それ自体の機能作用を有し、特有の識別内容を持ち、七識とは異なる。したがって如来蔵は阿頼耶識であり、第八識である。如来蔵は衆生の根・身・器・界を識別し、衆生の業種を識別する。七識心が識別する六塵以外、如来蔵は具体的な名言名相による識別を行わないが、それ以外は全て如来蔵が識別する内容である。如来蔵が衆生の業種を識別した後にこそ、衆生の五蘊を変現し、衆生の業果報を実現することができる。業種を識別してこそ、衆生が生存する環境を生じさせることができ、宇宙器世間を変造することができる。
如来蔵は七識への種子を流注することによって七識を現起させ、四大種子を流注することによって根身器界を現起させる。如来蔵は衆生の心行を了知した後、衆生の七識五陰に合わせ、目前に必要な法を生起させる。もし如来蔵に識別の機能がなければ、業果報を実現できず、衆生および衆生の生存環境を変現できない。如来蔵は完全に業種に従って四大種子を出力し、色身を形成し、生存環境を形成し、宇宙器世間を形成する。如来蔵の分別性は、悟後の学習と具体的な了知の内容であり、悟前に観察することはできない。
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