阿頼耶識は衆生の根身・器界を了別します。なぜなら阿頼耶識には七大種子があり、また衆生の業種が存在しているからです。業種は阿頼耶識の中に存在しており、阿頼耶識はそれを了知することができ、業種が成熟しているかどうか、いつ成熟するかを知っています。そして七大種子を輸送し、衆生の五蘊を造ります。阿頼耶識は五蘊の業種を了別し、衆生がどのような五蘊を持つべきかを必ず知っており、それによって如実に五蘊を変造することができます。変造した後も、五蘊のあらゆる状況を阿頼耶識は知っています。なぜなら阿頼耶識は常に五蘊の色身を維持し、絶えず種子を輸送・変更しているため、色身が相続して存在し、絶えず発展変化することができるからです。器世間はすべての衆生の阿頼耶識が共同で変造したものであり、すべての阿頼耶識が自体内の器世間の業種を了別しているからこそ、四大種子を輸送して宇宙器世間を変造することができ、その後も共同で器世間を維持し、器世間が生住異滅を遂げられるようにしているのです。
阿頼耶識は根身・器界を了別するからこそ、どのように変造すべきかを知ることができ、そうでなければ変造することはできません。阿頼耶識は随意に乱造するのではなく、必ず法則と原則があり、因果律に従って一切の法を変造し執持しています。身体を変造した後も、依然として身体を了別し、どのように変化すべきかを知り、因果律則に基づいて身体を変化させます。すべては因果律則に基づき、法爾として然りに運行しているのです。阿頼耶識は六識のように、五蘊身や器世間に対して様々な名詞概念を持ち、具体的な状況を知っているわけではなく、そのような了別性はなく、具体的な了別を行いません。
阿頼耶識には分析・思惟・判断する機能作用もなく、その知性は六識の知とは完全に異なります。私たちが毎日摂取する飲食について、阿頼耶識はその中の四大成分を摂取し、それを用いて再び身体を変造します。阿頼耶識はどれだけ摂取すべきかを知っており、どのように変造すべきかを知っています。業が異なる衆生は、飲食が同じで生活環境が同じであっても、身体は異なります。それは業力が異なるためであり、阿頼耶識の変造が異なるからです。
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