第八識の分別性は非常に深遠で微細であり、理解しがたい。第八識は業種・根身器界・七識の心行を了別することができる。その了別性によって初めて、根身器界と調和し、七識と協調し、業種を実現するのである。第八識の了別性は五遍行心所法の形式で作用する。五遍行心所法は刹那刹那に第八識の運行に伴っている。まず第八識は業種と根身器界に対して作意し、業種と根身器界に触れ、それらを受け入れ、業種と器界を了別分別し、業種・根身・器界の相を取る。これが想心所法の作用である。その後、思心所が作用して選択と決定を行い、最終的に造作を開始し、七大種子と業種を出力する。こうして万法が運転され始めるのである。
第八識は分別を経て初めて種子を出力し、異なる業種と根身器界に対して異なる種子を輸送し、異なる色法と心法を変造する。これが分別後の結果である。例えば第八識が胎児の身体を形成する際、どこにどの組織を形成し、どの器官を造り、どの形状や色彩を現すかなどを全て了知している。これが分別後の結果である。また第八識は衆生の色身を執持し変化させ、色身に対して分別性を生起させると同時に業種を分別し、業種と業縁に基づいて時空間を超えて色身を変化させる。色身は常に変化を続け、良化も悪化も死滅も全て第八識が業種に基づいて生じさせる変容である。
第八識の分別と第六・七識の分別の相違点は、第八識が一切の相を取りながらも執着せず、情緒や感情的な色彩、愛憎の心行がなく、捨心を持ち完全に機械的なモードで運行し、特有のプログラムに従って法爾如如に作動する点にある。
第八識が了別する際には情緒的要素がなく、境界が心中に映じる様は鏡に像が現れるが如し。ただし五識と第八識には差異が存在する。第八識は完全に鏡像の如く、愛憎・貪厭・心行・煩悩及びその習気を有さない。これに対し五識が了別する時、境界が心中に現れる様は鏡像の如く完全ではない。眼識等の五識には貪りの心所法が存在し、粗大な苦楽受を有し、愛憎を生じるため、眼識は喜楽を感じる色彩に対しては継続的に作意し触れ続け、了別を続行する。これが貪りである。苦受を感知する境界に対しては自動的に回避を選択する。これが厭離であり、眼識等の五識の心行である。一方第八識は如何なる境界に対しても貪らず厭わず、執取も回避もせず、実行すべきプログラムと法則に従い、業種が完全に実現されるまで運行を継続するのである。
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