意根は良いと知ればそれを実行し、悪いと知れば行わない。一方、意識は善悪を知るが、意根とは同期せず、意根は意識の判断に関わらず自らの観念に従って行動する。意根は強固であり、良いと認めればそれを実行し、悪いと認めれば如何に優れていても行わない。これが意根の慣性的習性の作用である。
意識は如何にして意根を薫陶し転換させるか。時に意識の力が強く意根への制御力が大きい時、意根を操作できるため、意根は意識の考えに従わざるを得ない。しかし永劫に束縛に服従し続けることはできない。故に意識は理をもって意根を従わせねばならず、常に強制的であってはならない。理で意根を説得する過程を薫染薫陶と呼び、教育改造とも称する。
意根が躊躇する時、その力は弱まり、意識の思考分析に耳を傾け意見に従う。これを理性的行為と呼ぶ。明知りつつ誤りを犯すのは意根の非理性的行為である。意識の忠告に従うのは意識の理性が優位にある状態であり、明知りつつ過ちを犯すのは意根の無明習気が優位にある状態を示す。
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