意識が法に対して思惟 (manasikāra/manana) することによって、自分自身の思想、観念、見解、知見が形成されますが、これは同時に意根に対する薫習の働きでもあります。思惟の過程そのものが意根に薫習され、意識が集中して思惟するほど意根の心により深く入り込むため、薫習の効果が明らかになります。もし意根の注意と真剣な向き合いを引き起こせば、それが最初の段階の効果です。もし意根が警覚と思 (manasikāra) を生起すれば、効果はいくらか顕著になります。もし意根の思が集中し深くなり、しかも如理如法であれば、薫習の効果はさらに明らかになります。もし意根の思に頭緒が出てくれば、効果が現れてきます。もし意根が法の味わいを思惟し出し、さらに初步的な択択ができれば、真の効果が現れてきます。もし意根が非常に明確で如理な結論を導き出し、自分の思惟を非常に確固として認可し、それに応じた択択と判断を行えば、薫染が成功したと言えます。意根が転変すれば、その後の一切の心行はすべて転変し、意根の判断と択択をめぐって転ずることになります。それで薫習が徹底したことになります。
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