意根は如来蔵と結びついており、如来蔵がどの法を現じるかによって、意根はその法に触れ、その法を見ます。ただし意根の了別には重点と段階があり、意根が重視する法を自身ではっきり了別できない場合、作意と択択が生じ、六識が現れて了別を行います。意根自らが了別できる法であっても処理できない場合、作意と択択によって六識を現出させ、了別と処理を行わせます。
意根自らが了別できて処理を必要としない法は極めて多く、意識はこれを知りません。意根が触れる法のうち六識による了別を必要としないものも極めて多く、意識は知りません。意根が触れ了別した法も極めて多く、意識に知らせ処理させたいものも極めて多いのですが、意識は智慧が不足しているため理解できず、曖昧模糊とした状態に留まり、時には意根の示唆に対して不可解さを感じ、結局は未解決のまま終わります。
如来蔵が六塵の境界を現じる際、六塵が最初に現れる時、意根が先に触れ先に了別します。意根が六塵を了別しきれないと、六識が現れて詳細に了別します。六識が了別を始めた当初、六塵に対比するものがなく、了別も不明瞭なため、意識は曖昧さを感じます。数刹那が経過して前後の六塵に対比可能なものが生じ、塵境が連続性を持つに至って、初めて意識は六塵が何であるかを認知します。例えば文字を書く際、第一画を書いても他人は何の字か分からず、第二画を書いても分からず、第三画でおぼろげに推測でき、第四画を書いて初めて何の字か判明するようなものです。
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