咒文を唱える際、声に出しても黙念しても、どちらも独頭意識によるものであり、意根の念には言語や文字は存在しない。黙念を認識する「知」は意識の内省力であり、これは証自証分に相当する。つまり独頭意識が自らを了別し反照する作用である。ただし極めて熟達した場合、意根も念と知を生じることがある。意識が黙念する時、意根は知を有し、意識が内省する時も意根は知を有する。この知は深遠で微細であり、認識し把握することが困難である。意根は独頭意識の内省作用と黙念の機能を、全て自己の機能作用と見做し、自らが念じ知っていると認識する。
禅定が良好な場合、意根も咒文を唱えることに参与し、意識がこれを観察できる状態となる。ただし意識と意根の機能境界が判然とせず混同されやすい。禅定を得た時、第一に身心が分離可能となり明瞭に認識され、両者の繋がりが疎となる。第六識と第七識もそれぞれ分離可能で、互いに距離を置くことで初めて明瞭となり、諸法に対する虚妄の感覚が生じる。禅定がなければ、諸法が絡み合って分離できず不明瞭となり、混然とした法を真実で現実的と感じ、執着が強くなり煩悩が重くなる。禅定の利益は尽きることがなく、禅定を得ずして修行ありと言うべきではない。
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