意根は意識が生じる際の俱有依であり、また意識の心の汚れと清浄の所依でもある。意識は意根と法塵が接触した後、意根が判断を下し造作することで生じる。意識の煩悩はどこから来るのか。一つは意根の調節と染着によるものであり、もう一つは周囲の染汚環境による影響である。
意根がどのように意識を調節し染着させるか。意根が六塵の境界に触れる際、おおよそ塵境が好ましくないと判断すると、意根はまず煩悩を起こし、塵境に対処しようとする。そこで意識が生じ、意根の指令に従って現在の法塵を分別し、身口の行動を起こす際に煩悩を伴う。身口が染汚されるのは、意識が意根の調節を受けた結果である。染着とは、意根の煩悩が現れる度に意識を染め、意識が次第に染着され、意根と同じ煩悩を持つようになることである。例えば、生まれたばかりの嬰児の意識には煩悩がないが、時が経つにつれ意根の先天的煩悩が意識の心行を左右し、意識は次第に意根の煩悩と一致するようになる。これが意根による染着である。意識が覚った時、初めて煩悩を軽減し、逆に意根の煩悩を制御できるようになる。
意識の煩悩の第二の源は塵境の染着である。同類の者たちの様々な煩悩に常に接し、日々積み重ねることで、心に煩悩が現れる。意識の煩悩は再び意根を染着させ、意根にも同じ煩悩を持たせる。煩悩を断った後の意根は染着を受けにくく、仮に一時的に煩悩が起きても、それは意識の一時的な煩悩であり、後になれば消滅し、長く持続することはない。
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