私たちの身体活動は、意根が脳を調節して作用するものであり、六識の協力を伴います。例えば朝目を開く時、目は自動的に開くのではなく、意根が命令を発し六識を調節して開かせます。食事中に意根が満腹の信号を了知し、食べるのを止めると決定すれば、六識に食事を停止するよう命じ、六識は命令に従って食べるのを止めます。これは意根が脳を通じて全身の活動を制御できること、そして全身の活動がすべて六識の活動であることを証明しています。赤面したり青筋を立てたり、激怒したり取り乱したり、暴力を振るったり、笑顔を見せたり心が弾んだりするなどは、すべて意根の煩悩や感情によって現れるもので、意根が操作した結果です。
意根は何を根拠に命令を発するのでしょうか。なぜ意根は色身の状況を正確かつ即座に把握できるのでしょう。色身における一切の法は如来蔵が顕現し保持するものであり、食事の進み具合を如来蔵が刹那に如実に反映します。意根は如来蔵に依ってすべてを了知し、了知した後には決断心を生じて決定を下し、命令を発するのです。もちろん意根が六塵の境界を了知し、身体の詳細な状況を把握するのは、六識を通じて識別されるものです。昏倒時や睡眠時の身体状態も、如来蔵が刹那に如実に反映するため、意根は即時に了知します。これらの時には意識は全く存在せず、意根が如来蔵に依って単独で了知しているのです。
さらに例えば突然知人に会った時、意識ではどうしても相手の名前が思い出せないが、名前を知っている感じがし、非常に親しく感じ、今まさに口に出せそうな状態になることがあります。この状況は単に意識が思い出せないだけで、意根が相手と名前を認識していないわけではありません。相手が去った後、意識は突然思い出します。なぜ意識が思い出すのでしょう。やはり意根が意識にある情報を与えたため、突然思い出すのです。一切の法の作用には必ず意根の働きがあり、必ずしも意識の作用があるわけではありません。もしある機能作用について、意根の働きの有無やその大きさが分からない場合は、六識のない幾つかの状態を想定し、意根がどのように働くかを考察すればよいのです。
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