意根本身には言語文字や音声の相がなく、言語文字を用いて思惟することはなく、心を動かすときにも音声がない。したがって、意根の心の動きとその作用は隠微で観察しがたく、捉えることが容易ではない。定力が不足すると心が細やかでなくなり、観察することが非常に困難になる。そうなると、意根に対する誤解は避けられない。
意識には時には智慧があり、時には智慧がない。意根もまた時には智慧があり、時には智慧がない。意識の智慧がよく発揮されれば、意根の了別と抉択を補助することができる。しかし、もし意根本身に智慧があれば、意識の智慧による補助は不要である。あるいは、意識による思惟分析の補助は必要とせず、了別を助けるだけで十分である。意根が法の粗い相と細かな相を了別すれば、直ちにどのように処理し対処すべきかを知る。意根本身に智慧があるときはこのようである。意根に智慧がないときは、意識が了別を補助するだけでなく、思惟・分析・推理・判断を補助し、その後、意根は意識の判断に基づいて思量し、自身の判断を行う必要がある。ただし、必ずしも意識の判断と一致するとは限らず、その抉択は意識の予想を超える可能性がある。
意識が自心を反観することは証自証分である。もし意識が観察するのが意根の心念であれば、それは自証分である。しかし、意識に智慧がないときは、それが自身の心念なのか意根の心念なのかを必ずしも区別できず、すべてを意識自身の心念としてしまう。したがって、多くの人が「これは明らかに意識の機能作用であるのに、どうして意根の機能作用だと言えるのか」と言う。実際には、自身の意識に意識と意根の差異と境界を弁別する智慧がなく、道種智がないため、意識と意根の作用を区別することは確かに非常に困難なのである。
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