意根そのものには言語文字や声音の相がなく、言語文字を用いて思惟することはなく、心思を働かせる時にも声音がないので、意根の心思と運行の行相は隠秘で観察し難く、捉えにくいのです。定が不足している時には心が細緻にならず、観察するのが非常に難しく、それゆえ意根に対する誤解は避けられないのです。
意識には智慧がある時とない時があり、意根にも智慧がある時とない時があります。意識の智慧がよく発揮されれば、意根の了別と抉択を補助することができます。しかし、意根そのものに智慧があれば、意識の智慧による補助は必要なく、あるいは意識による思惟・分析の補助は必要とせず、了別を助けるだけでよいのです。意根は法の粗略な相と細相を了別すれば、すぐにどのように処理し対処すべきかを知ります。意根そのものに智慧がある時はこのようですが、意根に智慧がない時には、意識が了別を補助するだけでなく、思惟・分析・推理・判断をも補助する必要があり、その後、意根は意識の判断に依拠して思量 (manasikāra/manana) し、自らの判断を下しますが、必ずしも意識の判断と一致するとは限らず、その抉択は意識の予想外に出る可能性もあります。
意識が自らの心を反観するのは証自証分 (svasaṃvedana) であり、意識が観察したのが意根の心念であれば、それは自証分 (svasaṃvitti) です。しかし、意識に智慧がない時には、それが自分自身の心念なのか意根の心念なのかを必ずしも見分けられず、すべて意識自身の心念であると見なしてしまうことがあります。それゆえ、多くの人が「これは明らかに意識の機能作用なのに、どうして意根の機能作用だと言えるのか」と言うのです。実は、自分の意識に智慧がなく、意識と意根の差別と境界を見分けられないのであり、道種智がなければ、意識と意根の作用を見分けようとしても、確かに非常に困難なのです。
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