種子には出生と現行の意味があり、まるで草木の種子のようなものである。これらの種子があって初めて根を張り芽を出し、草花や樹木が生長する。種子は一切の万法を形成する根であり、あるいは因と呼ばれ、あるいは元素とも呼ばれる。本有の種子と造業の種子に分けられる。種子は形も相もなく、形も相もない法こそが形も相もない如来蔵の中に存在しうるのである。自らが無相である如来蔵は、形や相のある法を蔵することはできない。如来蔵は縁に遇うと業種に基づいて種子を出力し、それによって万物万法、三界の世間を出生させるのである。
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