意根そのものは言語文字や音声の相を持たず、言語文字を用いて思惟することはなく、心思を働かせる時にも音声がないので、意根の心思と運行の行相は隠秘で観察し難く、捉えにくいのです。定が不足している時は心が細緻にならず、観察することが非常に難しくなります。それゆえ、意根に対する誤解は避けられないのです。
意識には智慧がある時とない時があり、意根にも智慧がある時とない時があります。意識の智慧がよく発揮されれば、意根の了別と択択を補助することができます。しかし、意根そのものに智慧があれば、意識の智慧による補助は必要なく、あるいは意識による思惟分析の補助は必要とせず、了別を助けるだけでよいのです。意根は法の粗略相と細相を了別すると、すぐにどのように処理し対処すべきかを知ります。意根そのものに智慧がある時はこのようになりますが、意根に智慧がない時は、意識が了別を補助するだけでなく、思惟・分析・推理・判断をも補助する必要があり、その後、意根は意識の判断に基づいて思量 (manasikāra/manana) し、自らの判断を下します。それは必ずしも意識の判断と一致するとは限らず、その択択は意識の予想外のこともあり得ます。
意識が自らの心を反観するのは、証自証分 (svasaṃvedana) であり、もし意識が観察したのが意根の心念であれば、それは自証分 (svasaṃvitti) です。しかし、意識に智慧がない時は、それが自分自身の心念なのか意根の心念なのかを必ずしも区別できず、すべて意識自身の心念と見なしてしまうことがあります。それゆえ、多くの人が「これは明らかに意識の機能作用なのに、どうして意根の機能作用だと言えるのか」と言うのです。実は、自分の意識に智慧がなく、意識と意根の差別と限界を明確に弁別できず、道種智を持たないため、意識と意根の作用を区別しようとすることは、確かに非常に困難なのです。
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