業種を浄化するのは、一般的には煩悩を断除した以後であり、煩悩業を造らなくなって初めて、種子が清浄になるのです。煩悩の習気を断除する時、習気を一点断除すれば、業種も一点清浄になります。煩悩が断じ尽くされていない時は、身口意行がなお悪業を造りますから、業種を浄化することはできません。悟りの前は、諸法の実相を証得していないため、いまだ我見があり、なお我を執し、我のために悪業を造作することもあるので、業種を清浄にすることはできません。悟りの後は、真如を証得し、諸法の性空を知り、五陰は無我であることを知って、初めて次第に煩悩を降伏でき、我のために造作する悪業はますます少なくなります。入地以後になって、初めて明らかな悪業を造作しなくなり、種子が清浄になり始めますが、しかし煩悩の習気と無明がまだあるので、微細な悪業・不善業の出現は免れません。
学仏の人は自心を反観する習慣を身につければ、速やかに煩悩を降伏することができます。その後、さらに努力して煩悩を断除し、初禅定を修出して以後、初めて煩悩を次第に断除し始めることができます。さもなければ、ただ煩悩を圧伏しているだけで、のちに縁に遇えば、なお貪瞋痴の業を造作することになります。断我見と明心の後、初禅定があって初めて煩悩を断除する能力が得られるのであり、それ以外はすべて煩悩を圧伏しているだけで、草を斬って根を除くことにはなっていません。根を除かなければ、また煩悩の草が生えてきます。一池の汚水を清浄にしたいなら、少なくともそれ以上汚水を流し込むのをやめなければなりません。それから初めて、汚水をきれいにする方法を考えることができるのです。もし汚水を流し込み続けるなら、汚水を清浄にする方法はありません。したがって、種子を浄化するのは悟りの後のことであり、悟りの前はただ煩悩を圧伏し、できるだけ悪業を造作しないようにするだけのことなのです。
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