分別しないことが智慧であり、分別することが識である。この句の意味は、阿頼耶識は大智慧の心であり、智慧の性質を備えていることを指す。阿頼耶識は六入(眼・耳・鼻・舌・身・意)を有しないがゆえに、六塵(色・声・香・味・触・法)の万法を了別せず、それは智識であって、七識心の識性とは異なる。七転識すなわち前七識には分別作用があり、主に六塵の境界を分別することができ、識性を備え、識心である。特に第六識は分別性が最も強く、第七識の六塵に対する分別慧は比較的劣り、分別性が弱い。七識が存在する限り、それは分別するものである。もし七識が分別しなくなったならば、それは深い禅定に入っているか、滅しているかのいずれかであり、衆生が睡眠中あるいは意識不明か、死亡している状態である。そうなると、衆生は正常に生存することができなくなる。
一方、阿頼耶識は六塵の境界を分別しないが、自らが分別する内容を持っている。なぜなら、畢竟、阿頼耶識は存在し活動し、三界世間の一切の万法を出生しなければならないからである。阿頼耶識は必ず分別した後にこそ万法を生じさせることができる。そうでなければ、何をもって万法を生じさせることができようか。阿頼耶識は業種に依存して万法を生じさせるのであるから、必ず業種を了別し、業種に基づいて万法を出生させることができる。
阿頼耶識が宇宙の器世間と衆生の五蘊身の存在を出生し執持することができるならば、必ず宇宙の器世間を了別し、五蘊身の状況を了別するはずである。そうでなければ、いかにして器世間の生住異滅を維持し、いかにして五蘊身の生老病死を維持することができようか。阿頼耶識は必ず七識の心行(心の働き)を了別できるはずである。そうでなければ、七識に配合し、七識と和合して活動し、一切の法の現行と運転を完成させることができない。そして阿頼耶識の智と七識の識は常に共に活動し、真妄和合して一切の法を出生させるのである。
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