分別しないことは智であり、分別することは識である。この句の意味は、阿頼耶識が大智慧の心であり、智性を備えていることを指す。阿頼耶識は六入に接触しないため、六塵の万法を了別せず、智識として七識心の識性とは異なる。七転識すなわち前七識には分別作用があり、主に六塵の境界を分別し、識性を備えた識心である。特に第六識は分別性が最も強く、第七識の六塵に対する分別慧は比較的劣り分別性が弱い。七識が存在する限り分別する性質を持ち、もし七識が分別しなくなれば、深い禅定に入ったか、あるいは滅した状態となり、衆生は睡眠・昏迷・死亡に陥る。それでは衆生は正常に生存できなくなる。
阿頼耶識は六塵の境界を分別しないが、自らが存在し運作するために固有の分別内容を持つ。畢竟、三界世間の一切万法を出生させるためには、必ず分別した後に万法を生じさせる必要がある。業種に依存して万法を生じるため、業種を了別し、それに基づいて万法を出生させる能力を必然的に有している。
宇宙器世間と衆生の五陰身の存在を出生し保持する阿頼耶識は、必然的に宇宙器世間を了別し、五陰身の状態を了別する。そうでなければ、宇宙器世間の生住異滅を維持できず、五陰身の生老病死を維持できない。また七識の心行を了別しなければ、七識と協調して和合運作し、一切法の現行と運転を完成させることは不可能である。阿頼耶識の智と七識の識は常に共に運作し、真妄和合によって一切法を出生させるのである。
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