色身には身識がない場合でも、身体は微弱な活動を行うことができます。例えば、ある衆生は頭を切り落とされても、身体がまだ身悶えできることがあります。これは、意根が身体を執持する際、大脳中枢神経系を制御することはできなくても、脊髄神経系がまだ存在しているためです。意根は脊髄神経系を制御することによって身体を身悶えさせることができ、この時は必ずしも身識と意識が参与しているとは限りません。また、眠った後、さらには深い睡眠の時でさえ、身体に微弱な活動が見られる現象がありますが、これも神経系の活動に属します。夜中の寝言やまぶたの瞬きも、無意識の活動であり、意識も身識も現起していません。
身体内部の活動、例えば:心拍、脈拍、呼吸、神経系の活動、胃腸の蠕動、消化吸収、細胞の新陳代謝などは、一般にすべて如来蔵が自主的に制御し執持しているものであり、七識にはしばしば力が及びません。内部臓器の活動には身識が必要なく、眠っていても活動しています。さもなければ人は死んでしまいます。身体の活動の多くは、身識や意識が支配できるものではなく、意根が支配できるものでもありません。人の生老病死はいずれも意根には制御できず、意識はなおさら制御できず、すべて如来蔵が業種に依って行うものです。身体内のいかなる機能・作用を観察しても、もし私たちの指揮と制御に従わないなら、それは如来蔵が単独で執持しているものです。血圧も体温も同様で、私たちがどうしたいと思っても思い通りにはなりません。禅定と神通のある場合は別であり、念の力が強い場合も別です。
しかし、七識の情緒や心理活動は色身内臓の運行に影響を与え、変化させることができます。意根は如来蔵の色身に対する執持作用に影響を与え、変化させることができ、六識の活動は意根が主導するものであり、これも如来蔵に影響を与えることができます。七識による色身内臓への影響と制御は、如来蔵のあの執持方式、制御・調節方式とは大きな違いがあります。どのような違いでしょうか。如来蔵は六七識にも従い、五識にも従います。だからこそ、私たちの修行に意味があるのです。さもなければすべて固定不変であり、修行には何の意味もなくなります。座禅や静坐を続ければ、色身の中のすべてを変えることができます。修行は主に六七識の上で工夫を積むことであり、六七識が修めば、天地がひっくり返るような変化が起こり、ついには成仏に至ります。
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