涅槃においては六識が滅するだけでなく、主要なのは意根の滅でもあります。無想定では六識は滅しますが、意根はまだ在り、五遍行心所法も運行しており、有心の状態に属します。滅尽定では六識が滅し、意根はまだ在りますが、五遍行心所法が受想の機能を滅しており、半有心、全く無心となれば、それが涅槃です。
六識の滅には一時的な滅と永久の滅とがあります。無想定と滅尽定における六識の一時的な滅は、意根が一時的に境界に攀縁しないためです。しかし意根は五蘊世間を放棄したわけではないので、さらに六識を出生させて定から出てくることになります。睡眠時に六識が滅するのは、意根が色身の休息を必要とするためで、これは一時的なものであり、意根の心が滅しなければ、さらに六識を出生させて再び目覚めさせます。昏倒時には、色身に障礙が生じ、勝義根が正常に六塵を受容できず、六識が引き続き了別できませんが、意根はなお六識の機能と色身の機能を所有しようと望んでいるので、色身の障礙が消えたとき、意根はさらに六識の出生を促します。死亡時には四大が分離し、六塵の境界が勝義根に伝わらず、六識の機能作用を維持し続けることができず、意根はやむなく五蘊の身を離れ、中陰身を生じて引き続き六識の機能作用を用います。これは意根の受動的な行為です。
一方、涅槃の状態の出現は、意根に何らの心行もなくなったため、六識は引き続き運行することができず、六識が滅し、意根自身も滅するのです。これは意根の主動的な行為です。
六識は境界の風のごとく、阿頼耶識 (Ālayavijñāna) の大海に七識の波を吹き起こすことができます。意識が分別した境界が意根に伝わると、意根は薫染を受け、それによって起心動念し、心海は波濤逆巻いて静まりません。それゆえ、意識が分別し続けなくなれば、意根は清浄 (viśuddha/pariśuddha) に落ち着き、次第に涅槃へと趣向していきます。
衆生が極楽世界に生まれるのも同じ道理です。意識が極楽世界で長期間、娑婆世界に類する染汚の境界に触れなければ、心は清浄に落ち着き、もはや意根に悪法を薫染することはなく、意識が清浄になれば、意根もまた清浄になります。意根が清浄になれば、極楽世界と相応し、蓮花の中から出て仏に会い法を聞き、無生を悟るのです。
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