意根の念が身心の状態を決定する

意根が一念を動かすと、大脳の神経中枢系全体を牽引し、後脳だけでなく前脳も牽引し、その後、全身各所の神経組織に情報と命令を発し、全身各所に細胞、血液、筋肉、気息などの一連の変化が現れ、種々の情動反応や生理反応が生じる。意根は、大脳の神経伝導系を制御することによって全身の活動を制御し、それによって自らの情動を、怒りや喜びとして表現する。したがって、身体の健康を望むなら、心のあり方を調整し、意根の心行を変えなければならない。そのためには、意識による正確で如理の思惟、如法の教導と導きに依拠する必要がある。それによって意根を心胸豁達に導き、より多くの真理を明らかにし、智慧を開通させ、もはや些末なことにこだわらず、煩悩の情動もなくなり、身体は健康になる。これは身心が相依り、心境が色身の健康に影響する原理である。

たとえば、意根が色身への執著と貪着を減らせば、身体中の気脈の運行は滞りなく通り、身体は発熱して暖かくなり、それによって身体を強め健康にし、色身は康泰となる。ひとたび定力が増強し、意根がもはや身体に執著しなくなれば、気脈は全身を滞りなく運行し、丹田に至ると、身体は自然に発熱して暖かくなる。時に意念が丹田に至れば、気脈もそれに従って丹田に至り、心は自然に静まり、思惟は細密かつ深遠になり、身心は調柔になり、気場の引力は大きくなり、衆生は好んで身の周りに集まってくる。

では、意念を丹田に至らせるのはどの「意」か。もし意識の「意」を指すのであれば、意識は単独で理由もなく丹田に至ることはできない。意根の引導と制御がなければ、意識は勝手に生起し活動することはできず、意根の思心所が丹田の処に現行せず、意根が丹田に作意（マナシカーラ）しなければ、意識が生起して丹田の処を念ずることはありえない。では、誰が意念し、先に丹田を意念しうるのか。それは必ず意根である。その他の方面の意念も、すべて意根が先導となり、次に意識の念を導く。意識は常にしっかりと意根の後ろに随行し、半歩も離れることができず、了知される一切の法はすべて意根によって指定されたものであり、永遠に意根から離れることはできない。ただし、意識が生起した後、想法や念頭が生じ、それによって意根に影響を与え、そこで意根に想法や念頭が生じ、意識に引き続き妄想と憶念をさせるということも排除しない。