微生物もまた畜生の範疇に属します。畜生の種類は極めて多く、非常に繁雑で、その範囲は龍や大鵬金翅鳥、象のような大きなものから、蟻や細菌・微生物のような小さなものまで含まれます。微生物はどこにでも存在し、空気中や物体の上にもあり、人はひとたび呼吸をすれば、微生物を鼻腔や肺に吸い込んで殺してしまうのです。飲食の中にも微生物は至る所にあり、現代の飲食はほとんどすべて微生物と切り離せません。微生物による発酵に頼っていて、すべての発酵食品は微生物によって作られており、ふっくらと柔らかな麺類、各種の菓子、酒や飲料など、数え切れないほどのものがすべて微生物によって作られており、これを食べれば殺生となるのです。
微生物は極めて小さく、肉眼では見えず、感知することもできず、避けることもできません。しかも日常生活と密接に関わり、色身や生活環境と共存しているため、衆生はなすすべもなく、接触しないということができず、殺し滅ぼさないということもできません。さもなければ衆生は正常に生存することができません。それゆえ、仏が制した戒には微生物を殺すことは含まれていません。もし微生物を殺すことが含まれるならば、殺生戒を犯さない衆生は一人もいなくなるでしょう。
かつて比丘が外出して小さな川の水を飲むとき、あるいは水たまりの淀んだ水を飲むとき、その中には細菌だけでなく小虫などもいたので、濾水嚢(ろすいのう)で濾してから飲みました。濾した後の水には依然として極めて多くの微生物がいますが、肉眼で見えない限り、飲んでも犯戒にはなりません。肉眼で見えるものは飲んではならず、飲めば犯戒となります。仏が戒を制するにあたっては、あまりに微細で避けがたい殺生は無視されましたが、これもまた衆生が逃れがたい業障なのです。
微生物を殺すことは犯戒には属しませんが、それでも因果の関係はあり、互いの間に悪縁が結ばれます。また、微生物はあまりにも小さくて取るに足らず、五蘊の機能があまりにも劣弱で、すべての衆生の中で最も劣弱で卑小な存在であり、道器ではありません。その生存が人類あるいは修道者と衝突する場合には、人類と修道者を保全し、微生物を捨てるか、あるいは微生物を利用して人類に奉仕させるしかありません。微生物の衆生は、これによって集めた福報と結んだ縁によって、次第に菌群から離れ、五蘊の機能がいくらか強い畜生の中に托生し、最後には人身を得ることになります。これは微生物にとって、絶えず進化していく一つの道でもあるのです。
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